العصر الإسلامي المتوسط 1000 - 1600 م
لا يوجد سوى عدد قليل من القطع الفخارية النادرة التي تدل على الوجود البشري في قطر في الفترة من القرن الحادي عشر إلى السادس عشر. ويشير مصدر تاريخي عثماني يعود لمنتصف القرن السادس عشر إلى مدينة رئيسية لصيد اللؤلؤ في قطر، ويمكن أن تكون هذه المدينة هي الحويلة، التي اعتبر في القرون اللاحقة أنها كانت عاصمة سابقة لقطر. ويدعم هذا التأريخ الفخار الذي عثر عليه على سطح الأرض في جزء من موقع لم يخضع للتنقيب. وهناك أيضًا آثار لوجود الاستيطان في أواسط العصر الإسلامي في منطقة الرويضة.

اعتبر الثعمانيون قطر جزءًا من منطقة الأحساء التابعة لهم، وكانوا يحكمونها عبر قبيلة محلية كانت تسكن االمنطقتين. في منتصف القرن السادس عشر كان للبرتغاليين قلعة في منطقة ما في قطر، وفقًا لخرائطهم وسجلاتهم المكتوبة، وفي الواقع فإن بعض التحصينات الموجودة في الرويضة تشبه المباني العسكرية البرتغالية في أسلوب بنائها. وفي تلك الفترة استمر أهل البر في قطر بالاعتماد على حياة الرعي، كما فعلوا لقرون عديدة قبل ذلك، تاركين وراءهم القليل من الآثار المادية

شهدت أواخر القرن العاشر الميلادي بداية ضعف الخلافة العباسية، المترامية الأطراف ، وظهور عدد من الدول المستقلة الصغيرة في العالم الإسلامي. استمرت هذه الدول في إظهار الولاء للعباسين في بغداد. ولكن مع تأسيس الخلافة الفاطمية المنافسة في مصر، والتي أصبحت قوة عسكرية ذات موارد اقتصادية كبيرة، تحول النشاط التجاري من منطقة الخليج إلى البحر الأحمر لمدة قصيرة. وقد ظهرت أسر حاكمة جديدة، وسقطت أسر أخرى في مصر وسوريا والعراق وإيران.

وفي القرن الخامس عشر ، ظهرت قوة جديدة ، وهي الإمبراطورية العثمانية التي سيطرت على معظم شمال إفريقيا والشرق الأوسط بحلول منتصف القرن السادس عشر، بالإضافة إلى جزء كبير من المناطق الساحلية في شبه الجزيرة العربية. ولكن في القرن السادس عشر واجهتهم قوى منافسة في الخليج والمحيط الهندي من البرتغاليين، والدول الأوروبية الأخرى، حيث أقامت طرقًا بحرية مباشرة من أوروبا حول إفريقيا.